První písemná zpráva o obci pochází z roku 1181, kdy ves byla majetkem dolnokounického kláštera. Poté byly Mělčany mnohokrát předány a prodány různým šlechticům, za zmínku stojí místokancléř Království českého Jiří Žabka z Limberka, který ves vlastnil od roku 1537 do roku 1566, nebo olomoucký biskup František Dietrichstein, který ves vlastnil od roku 1622 do 1862.
Obyvatelé se zaměstnávali nejvíce zemědělstvím a řemeslnictvím. Hlavní plodinou zde bylo obilí a také vinice. Byly zde také obchodníci se smíšeným zbožím a zemědělskými komoditami.
Mělčany byly přifařeny do Dolních kounic. Nákladem zdejšího rodáka p. Matouše Šimbery, faráře v Červené Lhotě, byla v roce 1872 vystavěna veřejná kaple Nanebevzetí Panny Marie.
Do roku 1853 chodili děti do školy do Dolních Kounic. Roku 1853 byla založena v Mělčanech jednotřídní škola, a začalo se v ní učit 19.dubna 1854.